A partir da Constituição Federal de 1988, foi atribuída ao Tribunal de Contas da União a competência de realizar auditoria operacional (artigo 71, inciso IV).
Desde a década de 1990, os normativos que regulamentam a atuação do TCU foram incorporando conceitos e metodologias apropriadas ao desenvolvimento dos trabalhos de auditoria operacional, conforme as mais modernas técnicas utilizadas por entidades fiscalizadoras superiores reconhecidas pela excelência de seu trabalho nessa área.
Nesse contexto, de 1998 a 2006, o Tribunal implementou o Projeto de Cooperação Técnica com o Ministério Britânico para o Desenvolvimento Internacional - DFID com o objetivo de disseminar no TCU técnicas de avaliação amplamente aplicadas por instituições de controle e, a partir desse conhecimento, avaliar programas governamentais e modelos regulatórios de serviços públicos. Esse projeto deu ênfase à avaliação de ações para a redução da desigualdade social existente no Brasil.
O Tribunal de Contas da União também criou, em 2000, uma unidade especializada, chamada Secretaria de Fiscalização e Avaliação de Programas de Governo - Seprog, que, desde então, realiza, prioritariamente, auditorias operacionais de abrangência nacional e regional. Além disso, desenvolve e dissemina métodos e técnicas sobre essa modalidade de auditoria.
Desde 1998, foram realizadas auditorias em diversas áreas de governo: Agricultura, Aquicultura, Assistência Social, Ciência e Tecnologia, Defesa, Desenvolvimento Agrário, Educação, Esporte, Habitação, Integração Nacional, Justiça, Meio-Ambiente, Relações Exteriores, Saneamento, Saúde, Trabalho, Transporte e Turismo.
Em 2005, o TCU foi eleito Presidente do Subcomitê de Auditoria de Desempenho da International Organization of Supreme Audit Institutios - Intosai, criado durante a 54ª Reunião do Conselho Diretor da Organização, com o objetivo de disseminar o documento Implementação de Diretrizes para Auditoria de Desempenho bem como desenvolver outras diretrizes necessárias à comunidade da Intosai.Atualmente, além do Brasil, o Subcomitê conta com 17 membros (países ou organizações): África do Sul, Arábia Saudita, Austrália, Áustria, Canadá, Dinamarca, Eslovênia, França, Guiana, Holanda, Kiribati, México, Noruega, Reino Unido, Suécia, Tribunal de Contas Europeu e Tunísia.
